Program dalam konvensyen Anime Festival Asia terdiri dari pameran, termasuk pernak-pernik dari Akiba Town, serta diskusi dari tokoh-tokoh ternama industri anime untuk membahas prospek industri dan mensosialisasikan serta membentuk kemitraan unik untuk mengembangkan adegan anime/manga lebih jauh.

Anime Festival Asia juga mengadakan program bernama "I ♥ Anisong", di mana beberapa penyanyi anisong diundang untuk konsert pada acara ini. Salah satu artis yang selalu diundang dalam program ini adalah Ichiro Mizuki.[6]

Selain itu, sejak AFA 2009, diadakan pula program "Moe Moe Kyun", sebuah kafe dengan para gadis pelayan berkostum maid moe serta program "Regional Cosplay Championship", pertandingan cosplay diikuti oleh cosplayer dari Singapura, Malaysia, Thailand, Indonesia, dan Filipina.[7]

Sejak AFAX, diadakan pula program "Atelier Royale", sebuah kafe dengan para pria pelayan berkostum butler.[6]

Selain konvensyen, Anime Festival Asia juga secara berkala mengadakan sidangbisnis yang berfokus pada industri anime dan manga. Salah satunya adalah Animation Asia Conference yang diadakan di Suntec City Theatre, Singapura pada tahun 2009.[8] Tamu yang mengikuti sidangini antara lain Tsuguhiko Kadokawa (CEO Kadokawa), Shiro Sasaki (CEO Flying Dog), Danny Choo (CEO Mirai Inc), Kotaro Sugiyama (wakil presiden senior Dentsu Inc.), dan Vince Shortino (presiden Crunchyroll Jepang).